Sau chiến thắng lẫy lừng trên tuyến biên giới phía đông, Mauricius được tự do tập trung vào khu vực Balkan. Người Slav đã cướp phá các tỉnh Balkan thuộc Đông La Mã trong nhiều thập kỷ, có lẽ bắt đầu định cư tại vùng này từ những năm 580. Người Avar chiếm được pháo đài quan trọng về mặt chiến lược Sirmium vào năm 582, sử dụng nó như là một căn cứ cho các hoạt động chống lại một số đồn lũy được bảo vệ kém bên cạnh sông Danube. Năm 584, người Slav uy hiếp thủ đô và năm 586 người Avar tiến hành vây hãm Thessalonica, trong khi người Slav đi xa đến tận vùng bán đảo Peloponnesus. Năm 591, Mauricius đã tung ra nhiều chiến dịch chống lại người Slav và Avar – với triển vọng tốt nhằm xoay chuyển tình thế.

Năm 592, quân đội của ông đã chiếm lại Singidunum từ tay người Avar. Tổng tư lệnh quân Đông La Mã Priscus đánh bại người Slav, Avar và Gepid tại phía nam sông Danube vào năm 593. Cùng năm đó hoàng đế dẫn quân vượt qua sông Danube tiến vào xứ mà nay là Wallachia để tiếp tục hàng loạt chiến công của mình. Năm 594, Mauricius đã thay thế Priscus bằng người em trai thiếu kinh nghiệm của mình tên là Petrus, bất chấp những thất bại ban đầu, dù sao cũng đạt được phần thắng ở Wallachia. Priscus giờ nắm quyền chỉ huy một cánh quân khác ở thượng nguồn, đánh bại người Avar một lần nữa vào năm 595. Rồi sau họ chỉ dám tấn công khu vực ngoại biên một lần nữa ở Dalmatia hai năm sau đó. Năm 598, hòa ước được ký kết với nhà lãnh đạo dân Avar Bayan I, chỉ bị phá vỡ một lần duy nhất dành cho các chiến dịch trả đũa vào sâu bên trong quê hương của người Avar. Vào năm 599 và 601, quân đội Đông La Mã đã trút sự tàn phá kinh hồn xuống đầu dân Avar và Gepid. Năm 602, người Slav phải hứng chịu một thất bại nặng nề ở Wallachia. Binh sĩ Đông La Mã đã giờ đây đã có thể giữ vững phòng tuyến sông Danube một lần nữa. Trong khi đó, Mauricius đang thực hiện kế hoạch tái định cư cho các khu vực bị tàn phá ở Balkan bằng cách sử dụng di dân Armenia.[9]